Nextflow workflow report

Workflow execution completed unsuccessfully!

The exit status of the task that caused the workflow execution to fail was: null.

The full error message was:

Error executing process > 'NFCORE_AIRRFLOW:AIRRFLOW:SINGLE_CELL_QC_AND_FILTERING:SINGLE_CELL_QC (all_single_cell)'

Caused by:
  Process exceeded running time limit (8h)


Command executed:

  echo "A02_LN1_meta-pass.tsv
  A08_NPC_meta-pass.tsv
  A02_LN3_meta-pass.tsv
  E02_NPC_meta-pass.tsv
  A02_LN2_meta-pass.tsv
  E02_PC_meta-pass.tsv
  E01_PC_meta-pass.tsv
  A06_NPC_meta-pass.tsv
  E13_NPC_meta-pass.tsv
  A03_NPC_meta-pass.tsv
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  E13_PC_meta-pass.tsv
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  E12_NPC_meta-pass.tsv
  A07_BL_meta-pass.tsv
  E08_PC_meta-pass.tsv
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  S12_NPC_meta-pass.tsv
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  S06_LN2_meta-pass.tsv
  M04_NPC_meta-pass.tsv
  M02_LN_meta-pass.tsv
  PA03_LN_meta-pass.tsv
  M05_LN1_meta-pass.tsv
  M08_NPC_meta-pass.tsv
  PT01_NPC_meta-pass.tsv
  M06_BL_meta-pass.tsv
  PA19_LN_meta-pass.tsv
  M05_LN2_meta-pass.tsv
  S08_LN_meta-pass.tsv
  PT01_LN_meta-pass.tsv
  PT05_LN_meta-pass.tsv
  M02_NPC_meta-pass.tsv
  M07_LN_meta-pass.tsv
  S06_LN1_meta-pass.tsv
  M06_LN1_meta-pass.tsv
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  M08_LN3_meta-pass.tsv
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  M19_BL_meta-pass.tsv
  M12_LN_meta-pass.tsv
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  M16_LN_meta-pass.tsv
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  M26_LN_meta-pass.tsv
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  M18_NPC_meta-pass.tsv
  M19_LN_meta-pass.tsv
  M19_LM_meta-pass.tsv
  M14_BL_meta-pass.tsv" > tabs.txt
      Rscript -e "enchantr::enchantr_report('single_cell_qc', \
          report_params=list('input'='tabs.txt',\
          'outdir'=getwd(), \
          'log'='all_reps_scqc_command_log'  ,'outname'='','outputby'='sample_id' ))"
  
      cp -r enchantr all_reps_scqc_report && rm -rf enchantr
  
      echo "NFCORE_AIRRFLOW:AIRRFLOW:SINGLE_CELL_QC_AND_FILTERING:SINGLE_CELL_QC": > versions.yml
      Rscript -e "cat(paste0('  enchantr: ',packageVersion('enchantr'),'
  '))" >> versions.yml

Command exit status:
  -

Command output:
  1/53                        
  2/53 [global-options]       
  3/53                        
  4/53 [input-parameters]     
  5/53                        
  6/53 [unnamed-chunk-1]      
  7/53                        
  8/53 [unnamed-chunk-2]      
  9/53                        
  10/53 [unnamed-chunk-3]      
  11/53                        
  12/53 [unnamed-chunk-4]      
  13/53                        
  14/53 [p-seqs-per-cell]      
  15/53                        
  16/53 [unnamed-chunk-5]      
  17/53                        
  18/53 [unnamed-chunk-6]      
  19/53                        
  20/53 [findLightOnlyCells]   
  21/53                        
  22/53 [unnamed-chunk-7]      
  23/53                        
  24/53 [removeDoublets]       
  25/53                        
  26/53 [sc-duplicates]        

Command error:
  
  
  processing file: _main.Rmd

Work dir:
  /data2/data2_mailab003/project/Proj_NPC_metastasis/02.CleanData/nfcore_airrflow/TCR/workdir/47/9e4c8048069501083570af6deb0fd5

Container:
  docker.io/immcantation/airrflow:4.3.0

Tip: you can try to figure out what's wrong by changing to the process work dir and showing the script file named `.command.sh`