#!/usr/bin/env bash -C -e -u -o pipefail
echo "E11_NPC_meta-pass.tsv
E12_PC_meta-pass.tsv
E13_NPC_meta-pass.tsv
E04_NPC_meta-pass.tsv
E03_PC_meta-pass.tsv
A03_LN1_meta-pass.tsv
A04_NPC_meta-pass.tsv
E03_NPC_meta-pass.tsv
E01_PC_meta-pass.tsv
PA01_LN_meta-pass.tsv
A06_BL_meta-pass.tsv
E13_PC_meta-pass.tsv
A02_LN2_meta-pass.tsv
E06_PC_meta-pass.tsv
E07_NPC_meta-pass.tsv
A02_LN1_meta-pass.tsv
A02_NPC_meta-pass.tsv
E09_BL_meta-pass.tsv
E01_BL_meta-pass.tsv
E05_PC_meta-pass.tsv
E08_PC_meta-pass.tsv
E10_PC_meta-pass.tsv
PA01_NPC_meta-pass.tsv
PA06_LN_meta-pass.tsv
E08_BL_meta-pass.tsv
E12_NPC_meta-pass.tsv
A06_LN_meta-pass.tsv
E05_BL_meta-pass.tsv
A02_LN3_meta-pass.tsv
E07_BL_meta-pass.tsv
E02_BL_meta-pass.tsv
A03_LN2_meta-pass.tsv
M04_NPC_meta-pass.tsv
E09_NPC_meta-pass.tsv
E05_NPC_meta-pass.tsv
E12_BL_meta-pass.tsv
E10_BL_meta-pass.tsv
PT10_LN_meta-pass.tsv
S02_LN_meta-pass.tsv
S06_LN1_meta-pass.tsv
S05_NPC_meta-pass.tsv
PT08_LN_meta-pass.tsv
A10_BL_meta-pass.tsv
A10_NPC_meta-pass.tsv
A11_BL_meta-pass.tsv
S09_NPC_meta-pass.tsv
A11_NPC_meta-pass.tsv
S04_LN1_meta-pass.tsv
M22_BL_meta-pass.tsv
S14_LN2_meta-pass.tsv
A13_NPC_meta-pass.tsv
A09_BL_meta-pass.tsv
A11_LN_meta-pass.tsv
PT06_LN_meta-pass.tsv
PA07_NPC_meta-pass.tsv
PT13_NPC_meta-pass.tsv
PA02_NPC_meta-pass.tsv
PA06_NPC_meta-pass.tsv
A05_BL_meta-pass.tsv
A04_BL_meta-pass.tsv
A13_BL_meta-pass.tsv
S03_NPC_meta-pass.tsv
PA05_NPC_meta-pass.tsv
A08_NPC_meta-pass.tsv
PT02_LN_meta-pass.tsv
PT09_NPC_meta-pass.tsv
S04_BL_meta-pass.tsv
A13_LN1_meta-pass.tsv
PT16_LN_meta-pass.tsv
PT15_LN_meta-pass.tsv
PT07_LN_meta-pass.tsv
PT13_LN_meta-pass.tsv
S05_LN2_meta-pass.tsv
S02_NPC_meta-pass.tsv
PT10_NPC_meta-pass.tsv
PT14_LN_meta-pass.tsv
S13_BL_meta-pass.tsv
PT15_NPC_meta-pass.tsv
S07_NPC_meta-pass.tsv
S07_BL_meta-pass.tsv
S05_BL_meta-pass.tsv
S13_LN_meta-pass.tsv
S04_LN2_meta-pass.tsv
PT12_NPC_meta-pass.tsv
PA21_NPC_meta-pass.tsv
PT14_NPC_meta-pass.tsv
M27_BL_meta-pass.tsv
S08_NPC_meta-pass.tsv
M02_BY_meta-pass.tsv
PT17_NPC_meta-pass.tsv
PT08_NPC_meta-pass.tsv
PT01_NPC_meta-pass.tsv
S09_LN_meta-pass.tsv
S07_LN_meta-pass.tsv
M08_LN1_meta-pass.tsv
S08_BL_meta-pass.tsv
M02_LN_meta-pass.tsv
M02_NPC_meta-pass.tsv
A13_LN2_meta-pass.tsv
S12_LN_meta-pass.tsv
S14_NPC_meta-pass.tsv
S06_BL_meta-pass.tsv
A09_LN_meta-pass.tsv
S05_LN1_meta-pass.tsv
S02_BL_meta-pass.tsv
A04_LN_meta-pass.tsv
A03_NPC_meta-pass.tsv
M20_LN_meta-pass.tsv
S14_LN1_meta-pass.tsv
E04_BL_meta-pass.tsv
M22_LN_meta-pass.tsv
M01_NPC_meta-pass.tsv
M01_BL_meta-pass.tsv
A05_LN1_meta-pass.tsv
S10_BL_meta-pass.tsv
S14_BL_meta-pass.tsv
M07_LN_meta-pass.tsv
M04_BL_meta-pass.tsv
M12_LN_meta-pass.tsv
PA04_NPC_meta-pass.tsv
M24_BL_meta-pass.tsv
M03_BL_meta-pass.tsv
M21_NPC_meta-pass.tsv
M09_LN1_meta-pass.tsv
M15_LN_meta-pass.tsv
M17_BL_meta-pass.tsv
M09_NPC_meta-pass.tsv
PA02_LN_meta-pass.tsv
M21_LN_meta-pass.tsv
M17_NPC_meta-pass.tsv
M25_NP_meta-pass.tsv
M21_BL_meta-pass.tsv
M25_BL_meta-pass.tsv
M08_LN2_meta-pass.tsv
E11_BL_meta-pass.tsv
PT16_NPC_meta-pass.tsv
M26_BL_meta-pass.tsv
M09_BL_meta-pass.tsv
M18_BL_meta-pass.tsv
E01_NPC_meta-pass.tsv
A02_BL_meta-pass.tsv
E02_NPC_meta-pass.tsv
S03_BL_meta-pass.tsv
PT04_NPC_meta-pass.tsv
PA15_NPC_meta-pass.tsv
PA20_NPC_meta-pass.tsv
PT05_LN_meta-pass.tsv
PA22_NPC_meta-pass.tsv
M27_LN_meta-pass.tsv
A08_LN_meta-pass.tsv
A08_BL_meta-pass.tsv
E13_BL_meta-pass.tsv
M14_BL_meta-pass.tsv
M19_NPC_meta-pass.tsv
M06_PG_meta-pass.tsv
M14_NPC_meta-pass.tsv
M08_LV_meta-pass.tsv
M05_LV_meta-pass.tsv
A07_NPC_meta-pass.tsv
M06_LV_meta-pass.tsv
M17_LN_meta-pass.tsv
E04_PC_meta-pass.tsv
E02_PC_meta-pass.tsv
M12_BL_meta-pass.tsv
M04_LN3_meta-pass.tsv
M03_NPC_meta-pass.tsv
E10_NPC_meta-pass.tsv
A03_BL_meta-pass.tsv
S12_NPC_meta-pass.tsv
S09_BL_meta-pass.tsv
PT05_NPC_meta-pass.tsv
E06_NPC_meta-pass.tsv
A07_LN_meta-pass.tsv
M03_LN_meta-pass.tsv
M04_LN1_meta-pass.tsv
M14_LN_meta-pass.tsv
M27_ALN_meta-pass.tsv
M04_LV_meta-pass.tsv
PT02_NPC_meta-pass.tsv
PA19_NPC_meta-pass.tsv
E06_BL_meta-pass.tsv
M12_LM_meta-pass.tsv
M26_LN_meta-pass.tsv
M26_NP_meta-pass.tsv
PA17_NPC_meta-pass.tsv
A05_NPC_meta-pass.tsv
PA14_NPC_meta-pass.tsv
M20_BL_meta-pass.tsv
M24_NPC_meta-pass.tsv
M22_NPC_meta-pass.tsv
PA18_NPC_meta-pass.tsv
M19_BL_meta-pass.tsv
S06_LN2_meta-pass.tsv
M13_NPC_meta-pass.tsv
PA15_LN_meta-pass.tsv
M16_NPC_meta-pass.tsv
M10_BL_meta-pass.tsv
M17_LV_meta-pass.tsv
M06_LN1_meta-pass.tsv
M16_LN_meta-pass.tsv
M07_NPC_meta-pass.tsv
M10_LN2_meta-pass.tsv
PT11_LN_meta-pass.tsv
PA16_LN_meta-pass.tsv
M13_BL_meta-pass.tsv
PA10_NPC_meta-pass.tsv
PA07_LN_meta-pass.tsv
PA22_LN_meta-pass.tsv
S10_LN_meta-pass.tsv
PA04_LN_meta-pass.tsv
M18_LN_meta-pass.tsv
PA08_NPC_meta-pass.tsv
PA12_NPC_meta-pass.tsv
M05_NPC_meta-pass.tsv
M06_NPC_meta-pass.tsv
S06_NPC_meta-pass.tsv
A09_NPC_meta-pass.tsv
M12_NPC_meta-pass.tsv
M05_LN2_meta-pass.tsv
M05_LN1_meta-pass.tsv
A06_NPC_meta-pass.tsv
M11_NPC_meta-pass.tsv
PA21_LN_meta-pass.tsv
M09_LV_meta-pass.tsv
M25_LN_meta-pass.tsv
S10_NPC_meta-pass.tsv
M10_LV_meta-pass.tsv
PA05_LN_meta-pass.tsv
PA10_LN_meta-pass.tsv
PA09_NPC_meta-pass.tsv
M18_NPC_meta-pass.tsv
PA03_NPC_meta-pass.tsv
M23_BL_meta-pass.tsv
PT11_NPC_meta-pass.tsv
M06_BL_meta-pass.tsv
M01_LN_meta-pass.tsv
PA14_LN_meta-pass.tsv
M15_NPC_meta-pass.tsv
PA12_LN_meta-pass.tsv
PA11_NPC_meta-pass.tsv
M15_BL_meta-pass.tsv
M08_BL_meta-pass.tsv
E11_PC_meta-pass.tsv
PA20_LN_meta-pass.tsv
PT04_LN_meta-pass.tsv
PT12_LN_meta-pass.tsv
M10_NPC_meta-pass.tsv
M11_BL_meta-pass.tsv
PA18_LN_meta-pass.tsv
PT06_NPC_meta-pass.tsv
M13_LN_meta-pass.tsv
A07_BL_meta-pass.tsv
S13_NPC_meta-pass.tsv
S03_LN_meta-pass.tsv
PA09_LN_meta-pass.tsv
S04_NPC_meta-pass.tsv
M04_LN2_meta-pass.tsv
S08_LN_meta-pass.tsv
M16_BL_meta-pass.tsv
M08_NPC_meta-pass.tsv
PT03_NPC_meta-pass.tsv
S12_BL_meta-pass.tsv
M20_NPC_meta-pass.tsv
PT03_LN_meta-pass.tsv
PT17_LN_meta-pass.tsv
PT07_NPC_meta-pass.tsv
E08_NPC_meta-pass.tsv
PT09_LN_meta-pass.tsv
M23_LN_meta-pass.tsv
E03_BL_meta-pass.tsv
M05_BL_meta-pass.tsv
M09_LN2_meta-pass.tsv
M07_BL_meta-pass.tsv
PA16_NPC_meta-pass.tsv
A10_LN_meta-pass.tsv
M06_LN2_meta-pass.tsv
M05_LN3_meta-pass.tsv
M07_LV_meta-pass.tsv
M23_NPC_meta-pass.tsv
PA13_NPC_meta-pass.tsv
A05_LN2_meta-pass.tsv
PA11_LN_meta-pass.tsv
PT01_LN_meta-pass.tsv
PA13_LN_meta-pass.tsv
M08_LN3_meta-pass.tsv
M24_LN_meta-pass.tsv
PA19_LN_meta-pass.tsv
M19_LN_meta-pass.tsv
M10_LN1_meta-pass.tsv
M11_LN_meta-pass.tsv
M19_LM_meta-pass.tsv
PA17_LN_meta-pass.tsv
PA03_LN_meta-pass.tsv
M02_LV_meta-pass.tsv
PA08_LN_meta-pass.tsv
M03_LV_meta-pass.tsv" > tabs.txt
    Rscript -e "enchantr::enchantr_report('single_cell_qc', \
        report_params=list('input'='tabs.txt',\
        'outdir'=getwd(), \
        'log'='all_reps_scqc_command_log'  ,'outname'='','outputby'='sample_id' ))"

    cp -r enchantr all_reps_scqc_report && rm -rf enchantr

    echo "NFCORE_AIRRFLOW:AIRRFLOW:SINGLE_CELL_QC_AND_FILTERING:SINGLE_CELL_QC": > versions.yml
    Rscript -e "cat(paste0('  enchantr: ',packageVersion('enchantr'),'
'))" >> versions.yml
