. ├── Annotation │   └── MetaEuk │   ├── MEGAHIT │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.1 │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.1.codon.fas │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.1.fas │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.1.gff │   │   │   └── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.1.headersMap.tsv │   │   └── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.2 │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.2.codon.fas │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.2.fas │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.2.gff │   │   └── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.2.headersMap.tsv │   └── SPAdes │   ├── SPAdes-CONCOCTRefined-test_minigut.7 │   │   ├── SPAdes-CONCOCTRefined-test_minigut.7.codon.fas │   │   ├── SPAdes-CONCOCTRefined-test_minigut.7.fas │   │   ├── SPAdes-CONCOCTRefined-test_minigut.7.gff │   │   └── SPAdes-CONCOCTRefined-test_minigut.7.headersMap.tsv │   └── SPAdes-MaxBin2Refined-test_minigut.001_sub │   ├── SPAdes-MaxBin2Refined-test_minigut.001_sub.codon.fas │   ├── SPAdes-MaxBin2Refined-test_minigut.001_sub.fas │   ├── SPAdes-MaxBin2Refined-test_minigut.001_sub.gff │   └── SPAdes-MaxBin2Refined-test_minigut.001_sub.headersMap.tsv ├── Assembly │   ├── MEGAHIT │   │   └── QC │   │   ├── test_minigut │   │   │   ├── MEGAHIT-test_minigut.bowtie2.log │   │   │   └── MEGAHIT-test_minigut-test_minigut_sample2.bowtie2.log │   │   └── test_minigut_sample2 │   │   ├── MEGAHIT-test_minigut_sample2.bowtie2.log │   │   └── MEGAHIT-test_minigut_sample2-test_minigut.bowtie2.log │   └── SPAdes │   └── QC │   ├── test_minigut │   │   ├── SPAdes-test_minigut.bowtie2.log │   │   └── SPAdes-test_minigut-test_minigut_sample2.bowtie2.log │   └── test_minigut_sample2 │   ├── SPAdes-test_minigut_sample2.bowtie2.log │   └── SPAdes-test_minigut_sample2-test_minigut.bowtie2.log ├── GenomeBinning │   ├── bin_summary.tsv │   ├── CONCOCT │   │   ├── bins │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_0.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_10.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_11.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_12.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_13.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_14.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_15.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_16.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_17.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_18.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_19.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_1.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_20.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_21.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_22.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_23.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_24.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_25.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_26.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_27.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_28.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_29.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_2.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_30.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_31.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_32.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_33.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_34.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_35.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_36.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_37.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_38.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_39.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_3.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_4.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_5.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_6.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_7.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_8.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_9.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_0.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_1.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_2.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_3.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_4.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_5.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_0.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_10.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_11.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_12.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_13.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_14.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_15.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_16.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_18.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_19.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_1.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_20.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_21.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_22.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_23.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_24.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_25.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_26.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_27.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_28.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_29.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_2.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_30.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_32.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_3.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_4.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_5.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_6.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_7.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_8.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_9.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_0.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_10.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_11.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_1.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_2.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_3.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_4.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_5.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_6.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_7.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_8.fa.gz │   │   │   └── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_9.fa.gz │   │   └── stats │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_args.txt │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_clustering_gt1000.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_log.txt │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_original_data_gt1000.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_PCA_components_data_gt1000.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_PCA_transformed_data_gt1000.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_args.txt │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_clustering_gt1000.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_log.txt │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_original_data_gt1000.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_PCA_components_data_gt1000.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2_PCA_transformed_data_gt1000.csv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut_sample2.tsv │   │   ├── MEGAHIT-CONCOCT-test_minigut.tsv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_args.txt │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_clustering_gt1000.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_log.txt │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_original_data_gt1000.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_PCA_components_data_gt1000.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_PCA_transformed_data_gt1000.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_args.txt │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_clustering_gt1000.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_log.txt │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_original_data_gt1000.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_PCA_components_data_gt1000.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2_PCA_transformed_data_gt1000.csv │   │   ├── SPAdes-CONCOCT-test_minigut_sample2.tsv │   │   └── SPAdes-CONCOCT-test_minigut.tsv │   ├── contig_to_bin │   │   └── contig_to_bin_map.tsv │   ├── DASTool │   │   ├── bins │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.1.fa │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.2.fa │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCTRefined-test_minigut.7.fa │   │   │   └── SPAdes-MaxBin2Refined-test_minigut.001_sub.fa │   │   ├── MEGAHIT-DASTool-test_minigut_allBins.eval │   │   ├── MEGAHIT-DASTool-test_minigut_DASTool_contig2bin.tsv │   │   ├── MEGAHIT-DASTool-test_minigut_DASTool.log │   │   ├── MEGAHIT-DASTool-test_minigut_DASTool_summary.tsv │   │   ├── MEGAHIT-DASTool-test_minigut.seqlength │   │   ├── SPAdes-DASTool-test_minigut_allBins.eval │   │   ├── SPAdes-DASTool-test_minigut_DASTool_contig2bin.tsv │   │   ├── SPAdes-DASTool-test_minigut_DASTool.log │   │   ├── SPAdes-DASTool-test_minigut_DASTool_summary.tsv │   │   ├── SPAdes-DASTool-test_minigut.seqlength │   │   └── unbinned │   │   ├── MEGAHIT-DASToolUnbinned-test_minigut.fa │   │   └── SPAdes-DASToolUnbinned-test_minigut.fa │   ├── depths │   │   ├── bins │   │   │   ├── bin_depths_summary.tsv │   │   │   ├── MEGAHIT-DASTool-test_minigut-binDepths.heatmap.png │   │   │   └── SPAdes-DASTool-test_minigut-binDepths.heatmap.png │   │   └── contigs │   │   ├── MEGAHIT-test_minigut-depth.txt.gz │   │   ├── MEGAHIT-test_minigut_sample2-depth.txt.gz │   │   ├── SPAdes-test_minigut-depth.txt.gz │   │   └── SPAdes-test_minigut_sample2-depth.txt.gz │   ├── MaxBin2 │   │   ├── bins │   │   │   ├── MEGAHIT-MaxBin2-test_minigut.001.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-MaxBin2-test_minigut.002.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-MaxBin2-test_minigut.001.fa.gz │   │   │   └── SPAdes-MaxBin2-test_minigut.002.fa.gz │   │   ├── discarded │   │   │   ├── MEGAHIT-MaxBin2-test_minigut.tooshort.gz │   │   │   └── SPAdes-MaxBin2-test_minigut.tooshort.gz │   │   ├── MEGAHIT-MaxBin2-test_minigut.abundance │   │   ├── MEGAHIT-MaxBin2-test_minigut.summary │   │   ├── SPAdes-MaxBin2-test_minigut.abundance │   │   ├── SPAdes-MaxBin2-test_minigut.summary │   │   └── unbinned │   │   └── discarded │   │   ├── MEGAHIT-MaxBin2-test_minigut.noclass.pooled.fa.gz │   │   ├── MEGAHIT-MaxBin2-test_minigut.noclass.remaining.fa.gz │   │   ├── SPAdes-MaxBin2-test_minigut.noclass.pooled.fa.gz │   │   └── SPAdes-MaxBin2-test_minigut.noclass.remaining.fa.gz │   ├── MetaBAT2 │   │   ├── bins │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut.1.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut.2.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut.1.fa.gz │   │   │   └── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut.2.fa.gz │   │   ├── discarded │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut.lowDepth.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut_sample2.lowDepth.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut_sample2.tooShort.fa.gz │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut.tooShort.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut.lowDepth.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut_sample2.lowDepth.fa.gz │   │   │   ├── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut_sample2.tooShort.fa.gz │   │   │   └── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut.tooShort.fa.gz │   │   └── unbinned │   │   └── discarded │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut_sample2.unbinned.pooled.fa.gz │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut_sample2.unbinned.remaining.fa.gz │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut.unbinned.pooled.fa.gz │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-test_minigut.unbinned.remaining.fa.gz │   │   ├── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut_sample2.unbinned.pooled.fa.gz │   │   ├── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut_sample2.unbinned.remaining.fa.gz │   │   ├── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut.unbinned.pooled.fa.gz │   │   └── SPAdes-MetaBAT2-test_minigut.unbinned.remaining.fa.gz │   ├── QC │   │   ├── BUSCO │   │   │   ├── MEGAHIT-DASTool-test_minigut │   │   │   │   ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.1.fa.json │   │   │   │   ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.1.fa.txt │   │   │   │   ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.2.fa.json │   │   │   │   ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.2.fa.txt │   │   │   │   ├── test_minigut-bacteria_odb10-busco │   │   │   │   │   ├── logs │   │   │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.1.fa │   │   │   │   │   │   ├── logs │   │   │   │   │   │   │   ├── bbtools_err.log │   │   │   │   │   │   │   ├── bbtools_out.log │   │   │   │   │   │   │   ├── hmmsearch_err.log │   │   │   │   │   │   │   ├── hmmsearch_out.log │   │   │   │   │   │   │   ├── prodigal_err.log │   │   │   │   │   │   │   └── prodigal_out.log │   │   │   │   │   │   ├── prodigal_output │   │   │   │   │   │   │   └── predicted_genes │   │   │   │   │   │   │   ├── predicted.faa │   │   │   │   │   │   │   └── predicted.fna │   │   │   │   │   │   └── run_bacteria_odb10 │   │   │   │   │   │   ├── busco_sequences │   │   │   │   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences │   │   │   │   │   │   │   │   ├── 1074831at2.faa │   │   │   │   │   │   │   │   └── 1074831at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences │   │   │   │   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences │   │   │   │   │   │   │   ├── 1009041at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1009041at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1024388at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1024388at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1043239at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1043239at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1054741at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1054741at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1093223at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1093223at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1151822at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1151822at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1166299at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1166299at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1272633at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1272633at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1592033at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1592033at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1595498at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1595498at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1674344at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1674344at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1698718at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1698718at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1758685at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1758685at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1827295at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1827295at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1842956at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1842956at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1890943at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1890943at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 2005443at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 2005443at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 384865at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 384865at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 402899at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 402899at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 505485at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 505485at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 776861at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 776861at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 874197at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 874197at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 932854at2.faa │   │   │   │   │   │   │   └── 932854at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── full_table.tsv │   │   │   │   │   │   ├── missing_busco_list.tsv │   │   │   │   │   │   ├── short_summary.json │   │   │   │   │   │   └── short_summary.txt │   │   │   │   │   └── MEGAHIT-MetaBAT2Refined-test_minigut.2.fa │   │   │   │   │   ├── logs │   │   │   │   │   │   ├── bbtools_err.log │   │   │   │   │   │   ├── bbtools_out.log │   │   │   │   │   │   ├── hmmsearch_err.log │   │   │   │   │   │   ├── hmmsearch_out.log │   │   │   │   │   │   ├── prodigal_err.log │   │   │   │   │   │   └── prodigal_out.log │   │   │   │   │   ├── prodigal_output │   │   │   │   │   │   └── predicted_genes │   │   │   │   │   │   ├── predicted.faa │   │   │   │   │   │   └── predicted.fna │   │   │   │   │   └── run_bacteria_odb10 │   │   │   │   │   ├── busco_sequences │   │   │   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences │   │   │   │   │   │   │   ├── 1043239at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1043239at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1074831at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1074831at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1093223at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1093223at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 761140at2.faa │   │   │   │   │   │   │   └── 761140at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences │   │   │   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences │   │   │   │   │   │   ├── 1151822at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1151822at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1272633at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1272633at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1395197at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1395197at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1491686at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1491686at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1504821at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1504821at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1574817at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1574817at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1623045at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1623045at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1661836at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1661836at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1674344at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1674344at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1830156at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1830156at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1990650at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1990650at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 2005443at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 2005443at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 665824at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 665824at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 932993at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 932993at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 95696at2.faa │   │   │   │   │   │   └── 95696at2.fna │   │   │   │   │   ├── full_table.tsv │   │   │   │   │   ├── missing_busco_list.tsv │   │   │   │   │   ├── short_summary.json │   │   │   │   │   └── short_summary.txt │   │   │   │   ├── test_minigut-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt │   │   │   │   └── test_minigut-bacteria_odb10-busco.log │   │   │   └── SPAdes-DASTool-test_minigut │   │   │   ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.SPAdes-CONCOCTRefined-test_minigut.7.fa.json │   │   │   ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.SPAdes-CONCOCTRefined-test_minigut.7.fa.txt │   │   │   ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.SPAdes-MaxBin2Refined-test_minigut.001_sub.fa.json │   │   │   ├── short_summary.specific.bacteria_odb10.SPAdes-MaxBin2Refined-test_minigut.001_sub.fa.txt │   │   │   ├── test_minigut-bacteria_odb10-busco │   │   │   │   ├── logs │   │   │   │   ├── SPAdes-CONCOCTRefined-test_minigut.7.fa │   │   │   │   │   ├── logs │   │   │   │   │   │   ├── bbtools_err.log │   │   │   │   │   │   ├── bbtools_out.log │   │   │   │   │   │   ├── hmmsearch_err.log │   │   │   │   │   │   ├── hmmsearch_out.log │   │   │   │   │   │   ├── prodigal_err.log │   │   │   │   │   │   └── prodigal_out.log │   │   │   │   │   ├── prodigal_output │   │   │   │   │   │   └── predicted_genes │   │   │   │   │   │   ├── predicted.faa │   │   │   │   │   │   └── predicted.fna │   │   │   │   │   └── run_bacteria_odb10 │   │   │   │   │   ├── busco_sequences │   │   │   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences │   │   │   │   │   │   │   ├── 1043239at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1043239at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1074831at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1074831at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 1844275at2.faa │   │   │   │   │   │   │   ├── 1844275at2.fna │   │   │   │   │   │   │   ├── 761140at2.faa │   │   │   │   │   │   │   └── 761140at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences │   │   │   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences │   │   │   │   │   │   ├── 1009041at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1009041at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1093223at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1093223at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1151822at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1151822at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1272633at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1272633at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1395197at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1395197at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1491686at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1491686at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1504821at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1504821at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1623045at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1623045at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1661836at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1661836at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1674344at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1674344at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1830156at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1830156at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 1990650at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1990650at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 2005443at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 2005443at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 665824at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 665824at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 932993at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 932993at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 95696at2.faa │   │   │   │   │   │   └── 95696at2.fna │   │   │   │   │   ├── full_table.tsv │   │   │   │   │   ├── missing_busco_list.tsv │   │   │   │   │   ├── short_summary.json │   │   │   │   │   └── short_summary.txt │   │   │   │   └── SPAdes-MaxBin2Refined-test_minigut.001_sub.fa │   │   │   │   ├── logs │   │   │   │   │   ├── bbtools_err.log │   │   │   │   │   ├── bbtools_out.log │   │   │   │   │   ├── hmmsearch_err.log │   │   │   │   │   ├── hmmsearch_out.log │   │   │   │   │   ├── prodigal_err.log │   │   │   │   │   └── prodigal_out.log │   │   │   │   ├── prodigal_output │   │   │   │   │   └── predicted_genes │   │   │   │   │   ├── predicted.faa │   │   │   │   │   └── predicted.fna │   │   │   │   └── run_bacteria_odb10 │   │   │   │   ├── busco_sequences │   │   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences │   │   │   │   │   │   ├── 1074831at2.faa │   │   │   │   │   │   ├── 1074831at2.fna │   │   │   │   │   │   ├── 223233at2.faa │   │   │   │   │   │   └── 223233at2.fna │   │   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences │   │   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences │   │   │   │   │   ├── 1009041at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1009041at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1024388at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1024388at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1036075at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1036075at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1043239at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1043239at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1054741at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1054741at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1093223at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1093223at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1151822at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1151822at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1166299at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1166299at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1272633at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1272633at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1592033at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1592033at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1595498at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1595498at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1674344at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1674344at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1698718at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1698718at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1758685at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1758685at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1827295at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1827295at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1830156at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1830156at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1842956at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1842956at2.fna │   │   │   │   │   ├── 1890943at2.faa │   │   │   │   │   ├── 1890943at2.fna │   │   │   │   │   ├── 2005443at2.faa │   │   │   │   │   ├── 2005443at2.fna │   │   │   │   │   ├── 384865at2.faa │   │   │   │   │   ├── 384865at2.fna │   │   │   │   │   ├── 402899at2.faa │   │   │   │   │   ├── 402899at2.fna │   │   │   │   │   ├── 505485at2.faa │   │   │   │   │   ├── 505485at2.fna │   │   │   │   │   ├── 776861at2.faa │   │   │   │   │   ├── 776861at2.fna │   │   │   │   │   ├── 874197at2.faa │   │   │   │   │   └── 874197at2.fna │   │   │   │   ├── full_table.tsv │   │   │   │   ├── missing_busco_list.tsv │   │   │   │   ├── short_summary.json │   │   │   │   └── short_summary.txt │   │   │   ├── test_minigut-bacteria_odb10-busco.batch_summary.txt │   │   │   └── test_minigut-bacteria_odb10-busco.log │   │   └── busco_summary.tsv │   └── SemiBin2 │   ├── bins │   │   ├── MEGAHIT-SemiBin2-test_minigut_0.fa.gz │   │   ├── SPAdes-SemiBin2-test_minigut_0.fa.gz │   │   └── SPAdes-SemiBin2-test_minigut_1.fa.gz │   └── log │   ├── MEGAHIT-SemiBin2-test_minigut_sample2.SemiBinRun.log │   ├── MEGAHIT-SemiBin2-test_minigut.SemiBinRun.log │   ├── SPAdes-SemiBin2-test_minigut_sample2.SemiBinRun.log │   └── SPAdes-SemiBin2-test_minigut.SemiBinRun.log ├── multiqc │   ├── multiqc_data │   │   ├── bowtie2_pe_plot.yaml │   │   ├── busco_plot_bacteria_odb10.yaml │   │   ├── llms-full.txt │   │   ├── multiqc_bowtie2_bowtie2-2.yaml │   │   ├── multiqc_busco.yaml │   │   ├── multiqc_citations.yaml │   │   ├── multiqc_data.json │   │   ├── multiqc_general_stats.yaml │   │   ├── multiqc.log │   │   ├── multiqc.parquet │   │   ├── multiqc_software_versions.yaml │   │   └── multiqc_sources.yaml │   ├── multiqc_plots │   │   ├── pdf │   │   │   ├── bowtie2_pe_plot-cnt.pdf │   │   │   ├── bowtie2_pe_plot-pct.pdf │   │   │   ├── busco_plot_bacteria_odb10-cnt.pdf │   │   │   └── busco_plot_bacteria_odb10-pct.pdf │   │   ├── png │   │   │   ├── bowtie2_pe_plot-cnt.png │   │   │   ├── bowtie2_pe_plot-pct.png │   │   │   ├── busco_plot_bacteria_odb10-cnt.png │   │   │   └── busco_plot_bacteria_odb10-pct.png │   │   └── svg │   │   ├── bowtie2_pe_plot-cnt.svg │   │   ├── bowtie2_pe_plot-pct.svg │   │   ├── busco_plot_bacteria_odb10-cnt.svg │   │   └── busco_plot_bacteria_odb10-pct.svg │   └── multiqc_report.html ├── mytree.txt └── pipeline_info ├── execution_report_2026-01-12_11-47-12.html ├── execution_timeline_2026-01-12_11-47-12.html ├── nf_core_mag_software_mqc_versions.yml ├── params_2026-01-12_11-47-25.json └── pipeline_dag_2026-01-12_11-47-12.html 93 directories, 481 files