%%{
  init: {
    'theme': 'base',
    'themeVariables': {
      'primaryColor': '#B6ECE2',
      'primaryTextColor': '#160F26',
      'primaryBorderColor': '#065647',
      'lineColor': '#545555',
      'clusterBkg': '#BABCBD22',
      'clusterBorder': '#DDDEDE',
      'fontFamily': 'arial'
    }
  }
}%%
flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromList"]
    v19["Channel.fromPath"]
    v34["discard_trimmed_pass"]
    v35["save_trimmed_fail"]
    v36["save_merged"]
    v53["ch_phix_db_file"]
    v88["custom_adapters"]
    v92["ch_lambda_db"]
    v112["bam_format"]
    v113["bam_index_extension"]
    v114["cigar_paf_format"]
    v115["cigar_bam"]
    v165["yml"]
    v166["hmm"]
    v193["yml"]
    v194["hmm"]
    v235["output_format"]
    v266["bam_format"]
    v267["bam_index_extension"]
    v268["cigar_paf_format"]
    v269["cigar_bam"]
    v334["bed"]
    v375["val_min_contig_size"]
    v379["val_min_contig_size"]
    v385["val_min_contig_size"]
    v391["val_min_contig_size"]
    v489["mode"]
    v490["lineage"]
    v491["busco_lineages_path"]
    v492["config_file"]
    v493["clean_intermediates"]
    v512["mode"]
    v513["out_format"]
    v514["skip_input_format_check"]
    v546["database"]
    v550["use_pplacer_scratch_dir"]
    v572["filtered_bins"]
    v573["failed_bins"]
    v591["proteins"]
    v592["prodigal_tf"]
    v606[" "]
    v616["Channel.of"]
    v620["Channel.fromPath"]
    v622["Channel.fromPath"]
    v623["ch_workflow_summary"]
    v627["ch_methods_description"]
    v652["replace_names"]
    v653["sample_names"]
    end
    subgraph " "
    v7[" "]
    v14[" "]
    v30[" "]
    v38[" "]
    v39[" "]
    v40[" "]
    v41[" "]
    v50[" "]
    v60[" "]
    v64[" "]
    v84[" "]
    v85[" "]
    v86[" "]
    v94[" "]
    v117[" "]
    v118[" "]
    v124[" "]
    v125[" "]
    v134[" "]
    v135[" "]
    v136[" "]
    v168[" "]
    v169[" "]
    v170[" "]
    v171[" "]
    v172[" "]
    v173[" "]
    v178[" "]
    v179[" "]
    v180[" "]
    v181[" "]
    v182[" "]
    v196[" "]
    v197[" "]
    v198[" "]
    v199[" "]
    v200[" "]
    v201[" "]
    v210[" "]
    v211[" "]
    v212[" "]
    v213[" "]
    v214[" "]
    v220[" "]
    v233[" "]
    v237[" "]
    v238[" "]
    v239[" "]
    v240[" "]
    v271[" "]
    v286[" "]
    v308[" "]
    v309[" "]
    v310[" "]
    v311[" "]
    v317[" "]
    v318[" "]
    v319[" "]
    v320[" "]
    v321[" "]
    v322[" "]
    v323[" "]
    v344["pca_transformed"]
    v345["pca_original"]
    v346["original_csv"]
    v347[" "]
    v348[" "]
    v364[" "]
    v365[" "]
    v366[" "]
    v367[" "]
    v387[" "]
    v393["tooshort"]
    v402[" "]
    v403[" "]
    v404[" "]
    v405[" "]
    v411["bins_gz"]
    v428[" "]
    v429[" "]
    v462[" "]
    v474["ch_allcontig2binmap"]
    v479["ch_input_bins_for_qc"]
    v495[" "]
    v496[" "]
    v497[" "]
    v498[" "]
    v499[" "]
    v500[" "]
    v501[" "]
    v502[" "]
    v503[" "]
    v504[" "]
    v505[" "]
    v516[" "]
    v552[" "]
    v553[" "]
    v554[" "]
    v555[" "]
    v556[" "]
    v557[" "]
    v558[" "]
    v559[" "]
    v560[" "]
    v586[" "]
    v594[" "]
    v595[" "]
    v596[" "]
    v597[" "]
    v598[" "]
    v599[" "]
    v600[" "]
    v601[" "]
    v602[" "]
    v603[" "]
    v604[" "]
    v655[" "]
    v656[" "]
    v657[" "]
    v660[" "]
    end
    subgraph "NFCORE_MAG [NFCORE_MAG]"
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG [MAG]"
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:SHORTREAD_PREPROCESSING [SHORTREAD_PREPROCESSING]"
    v29(["FASTQC_RAW"])
    v37(["FASTP"])
    v47(["BOWTIE2_HOST_REMOVAL_BUILD"])
    v49(["BOWTIE2_HOST_REMOVAL_ALIGN"])
    v57(["BOWTIE2_PHIX_REMOVAL_BUILD"])
    v59(["BOWTIE2_PHIX_REMOVAL_ALIGN"])
    v63(["FASTQC_TRIMMED"])
    v71(["CAT_FASTQ"])
    v31(( ))
    v32(( ))
    v33(( ))
    v44(( ))
    v54(( ))
    v67(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:LONGREAD_PREPROCESSING [LONGREAD_PREPROCESSING]"
    v83(["NANOPLOT_RAW"])
    v89(["PORECHOP_ABI"])
    v93(["NANOLYSE"])
    v101(["FILTLONG"])
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:LONGREAD_PREPROCESSING:LONGREAD_HOSTREMOVAL [LONGREAD_HOSTREMOVAL]"
    v110(["MINIMAP2_HOST_INDEX"])
    v116(["MINIMAP2_HOST_ALIGN"])
    v121(["SAMTOOLS_HOSTREMOVED_UNMAPPED"])
    v123(["SAMTOOLS_HOSTREMOVED_INDEX"])
    v128(["SAMTOOLS_HOSTREMOVED_STATS"])
    v106(( ))
    v111(( ))
    v119(( ))
    v127(( ))
    v130(( ))
    end
    v133(["NANOPLOT_FILTERED"])
    v142(["CAT_FASTQ_LONGREADS"])
    v87(( ))
    v91(( ))
    v96(( ))
    v138(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:ASSEMBLY [ASSEMBLY]"
    v156(["POOL_LONG_READS"])
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:ASSEMBLY:SHORTREAD_ASSEMBLY [SHORTREAD_ASSEMBLY]"
    v167(["METASPADES"])
    v177(["MEGAHIT"])
    v164(( ))
    v174(( ))
    v175(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:ASSEMBLY:HYBRID_ASSEMBLY [HYBRID_ASSEMBLY]"
    v195(["METASPADESHYBRID"])
    v189(( ))
    v202(( ))
    v203(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:ASSEMBLY:LONGREAD_ASSEMBLY [LONGREAD_ASSEMBLY]"
    v209(["FLYE"])
    v219(["METAMDBG_ASM"])
    v208(( ))
    v215(( ))
    v216(( ))
    v218(( ))
    end
    v226(["GUNZIP_SHORTREAD_ASSEMBLIES"])
    v228(["GUNZIP_LONGREAD_ASSEMBLIES"])
    v151(( ))
    v157(( ))
    v225(( ))
    end
    v232(["QUAST"])
    v236(["PRODIGAL"])
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:BINNING_PREPARATION [BINNING_PREPARATION]"
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:BINNING_PREPARATION:SHORTREAD_BINNING_PREPARATION [SHORTREAD_BINNING_PREPARATION]"
    v245(["BOWTIE2_ASSEMBLY_BUILD"])
    v251(["BOWTIE2_ASSEMBLY_ALIGN"])
    v246(( ))
    v247(( ))
    v253(( ))
    v255(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:BINNING_PREPARATION:LONGREAD_BINNING_PREPARATION [LONGREAD_BINNING_PREPARATION]"
    v258(["MINIMAP2_ASSEMBLY_INDEX"])
    v270(["MINIMAP2_ASSEMBLY_ALIGN"])
    v259(( ))
    v260(( ))
    v273(( ))
    end
    v256(( ))
    v279(( ))
    v280(( ))
    end
    v285(["ALE"])
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:BINNING [BINNING]"
    v293(["METABAT2_JGISUMMARIZEBAMCONTIGDEPTHS_LONGREAD"])
    v295(["METABAT2_JGISUMMARIZEBAMCONTIGDEPTHS_SHORTREAD"])
    v302(["CONVERT_DEPTHS"])
    v307(["METABAT2_METABAT2"])
    v316(["MAXBIN2"])
    v325(["ADJUST_MAXBIN2_EXT"])
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:BINNING:FASTA_BINNING_CONCOCT [FASTA_BINNING_CONCOCT]"
    v335(["CONCOCT_CUTUPFASTA"])
    v339(["CONCOCT_CONCOCTCOVERAGETABLE"])
    v343(["CONCOCT_CONCOCT"])
    v351(["CONCOCT_MERGECUTUPCLUSTERING"])
    v355(["CONCOCT_EXTRACTFASTABINS"])
    v336(( ))
    v338(( ))
    v342(( ))
    v354(( ))
    end
    v363(["COMEBIN_RUNCOMEBIN"])
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:BINNING:BINNING_METABINNER [BINNING_METABINNER]"
    v376(["METABINNER_KMER"])
    v380(["METABINNER_TOOSHORT"])
    v386(["METABINNER_METABINNER"])
    v392(["METABINNER_BINS"])
    v374(( ))
    v377(( ))
    v378(( ))
    v382(( ))
    v389(( ))
    end
    v401(["SEMIBIN_SINGLEEASYBIN"])
    v414(["SEQKIT_STATS"])
    v427(["SPLIT_FASTA"])
    v432(["GUNZIP_BINS"])
    v435(["GUNZIP_UNBINS"])
    v291(( ))
    v294(( ))
    v297(( ))
    v304(( ))
    v312(( ))
    v315(( ))
    v331(( ))
    v362(( ))
    v400(( ))
    v431(( ))
    v434(( ))
    v437(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:DEPTHS [DEPTHS]"
    v456(["MAG_DEPTHS"])
    v461(["MAG_DEPTHS_PLOT"])
    v466(["MAG_DEPTHS_SUMMARY"])
    v449(( ))
    v457(( ))
    v458(( ))
    v459(( ))
    v464(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:BIN_QC [BIN_QC]"
    v494(["BUSCO_BUSCO"])
    v515(["CONCAT_BUSCO_TSV"])
    v478(( ))
    v506(( ))
    v507(( ))
    v509(( ))
    v517(( ))
    v519(( ))
    end
    v527(["QUAST_BINS"])
    v531(["QUAST_BINS_SUMMARY"])
    subgraph "NFCORE_MAG:MAG:GTDBTK [GTDBTK]"
    v547(["GTDBTK_DB_PREPARATION"])
    v551(["GTDBTK_CLASSIFYWF"])
    v574(["GTDBTK_SUMMARY"])
    v538(( ))
    v548(( ))
    v569(( ))
    end
    v585(["BIN_SUMMARY"])
    v593(["PROKKA"])
    v654(["MULTIQC"])
    v20(( ))
    v77(( ))
    v231(( ))
    v439(( ))
    v444(( ))
    v529(( ))
    v578(( ))
    v579(( ))
    v580(( ))
    v581(( ))
    v582(( ))
    v583(( ))
    v584(( ))
    v649(( ))
    v650(( ))
    v651(( ))
    v658(( ))
    end
    end
    subgraph "PIPELINE_INITIALISATION [PIPELINE_INITIALISATION]"
    v3(( ))
    end
    subgraph "PIPELINE_COMPLETION [PIPELINE_COMPLETION]"
    v659(( ))
    end
    v2 --> v3
    v3 --> v7
    v3 --> v14
    v19 --> v20
    v3 --> v29
    v29 --> v30
    v29 --> v31
    v29 --> v32
    v34 --> v37
    v35 --> v37
    v36 --> v37
    v33 --> v37
    v37 --> v41
    v37 --> v40
    v37 --> v39
    v37 --> v38
    v37 --> v49
    v37 --> v31
    v37 --> v32
    v37 --> v44
    v37 --> v54
    v44 --> v47
    v47 --> v49
    v47 --> v31
    v49 --> v59
    v49 --> v50
    v49 --> v31
    v49 --> v32
    v53 --> v54
    v54 --> v57
    v57 --> v59
    v57 --> v31
    v59 --> v63
    v59 --> v60
    v59 --> v31
    v59 --> v32
    v59 --> v67
    v63 --> v64
    v63 --> v31
    v63 --> v32
    v67 --> v71
    v71 --> v31
    v71 --> v67
    v3 --> v83
    v83 --> v86
    v83 --> v85
    v83 --> v84
    v83 --> v87
    v88 --> v89
    v3 --> v89
    v89 --> v93
    v89 --> v87
    v89 --> v91
    v92 --> v93
    v93 --> v94
    v93 --> v87
    v93 --> v96
    v96 --> v101
    v101 --> v116
    v101 --> v87
    v101 --> v91
    v101 --> v106
    v106 --> v110
    v110 --> v116
    v110 --> v111
    v112 --> v116
    v113 --> v116
    v114 --> v116
    v115 --> v116
    v116 --> v118
    v116 --> v117
    v116 --> v123
    v116 --> v111
    v116 --> v119
    v116 --> v127
    v119 --> v121
    v121 --> v133
    v121 --> v111
    v121 --> v138
    v123 --> v125
    v123 --> v124
    v123 --> v111
    v123 --> v127
    v106 --> v128
    v127 --> v128
    v128 --> v111
    v128 --> v130
    v133 --> v136
    v133 --> v135
    v133 --> v134
    v133 --> v87
    v138 --> v142
    v142 --> v87
    v142 --> v138
    v151 --> v156
    v156 --> v157
    v156 --> v189
    v165 --> v167
    v166 --> v167
    v164 --> v167
    v167 --> v173
    v167 --> v172
    v167 --> v171
    v167 --> v170
    v167 --> v169
    v167 --> v168
    v167 --> v174
    v167 --> v175
    v151 --> v177
    v177 --> v182
    v177 --> v181
    v177 --> v180
    v177 --> v179
    v177 --> v178
    v177 --> v174
    v177 --> v175
    v193 --> v195
    v194 --> v195
    v189 --> v195
    v195 --> v201
    v195 --> v200
    v195 --> v199
    v195 --> v198
    v195 --> v197
    v195 --> v196
    v195 --> v202
    v195 --> v203
    v208 --> v209
    v209 --> v214
    v209 --> v213
    v209 --> v212
    v209 --> v211
    v209 --> v210
    v209 --> v215
    v209 --> v216
    v218 --> v219
    v219 --> v220
    v219 --> v215
    v219 --> v216
    v225 --> v226
    v226 --> v245
    v226 --> v157
    v226 --> v231
    v216 --> v228
    v228 --> v258
    v228 --> v157
    v228 --> v231
    v228 --> v273
    v231 --> v232
    v232 --> v233
    v232 --> v77
    v235 --> v236
    v231 --> v236
    v236 --> v240
    v236 --> v239
    v236 --> v238
    v236 --> v237
    v236 --> v77
    v245 --> v246
    v245 --> v247
    v247 --> v251
    v251 --> v246
    v251 --> v253
    v251 --> v255
    v258 --> v259
    v258 --> v260
    v266 --> v270
    v267 --> v270
    v268 --> v270
    v269 --> v270
    v260 --> v270
    v270 --> v271
    v270 --> v259
    v270 --> v273
    v231 --> v285
    v285 --> v286
    v285 --> v77
    v291 --> v293
    v293 --> v294
    v293 --> v297
    v291 --> v295
    v295 --> v294
    v295 --> v297
    v297 --> v302
    v302 --> v294
    v302 --> v304
    v297 --> v307
    v307 --> v311
    v307 --> v310
    v307 --> v309
    v307 --> v308
    v307 --> v312
    v307 --> v315
    v304 --> v316
    v316 --> v325
    v316 --> v323
    v316 --> v322
    v316 --> v321
    v316 --> v320
    v316 --> v319
    v316 --> v318
    v316 --> v317
    v316 --> v294
    v316 --> v315
    v325 --> v294
    v325 --> v312
    v334 --> v335
    v331 --> v335
    v335 --> v336
    v335 --> v338
    v335 --> v342
    v338 --> v339
    v339 --> v336
    v339 --> v342
    v342 --> v343
    v343 --> v348
    v343 --> v351
    v343 --> v347
    v343 --> v346
    v343 --> v345
    v343 --> v344
    v343 --> v336
    v351 --> v336
    v351 --> v354
    v354 --> v355
    v355 --> v312
    v355 --> v336
    v362 --> v363
    v363 --> v367
    v363 --> v366
    v363 --> v365
    v363 --> v364
    v363 --> v294
    v363 --> v312
    v375 --> v376
    v374 --> v376
    v376 --> v377
    v376 --> v382
    v379 --> v380
    v378 --> v380
    v380 --> v377
    v380 --> v382
    v385 --> v386
    v382 --> v386
    v386 --> v387
    v386 --> v377
    v386 --> v389
    v391 --> v392
    v389 --> v392
    v392 --> v393
    v392 --> v312
    v392 --> v315
    v392 --> v377
    v400 --> v401
    v401 --> v405
    v401 --> v404
    v401 --> v403
    v401 --> v402
    v401 --> v294
    v401 --> v312
    v312 --> v411
    v312 --> v414
    v414 --> v294
    v414 --> v312
    v315 --> v427
    v427 --> v429
    v427 --> v428
    v427 --> v294
    v427 --> v431
    v312 --> v432
    v432 --> v294
    v432 --> v434
    v431 --> v435
    v435 --> v294
    v435 --> v437
    v449 --> v456
    v456 --> v457
    v456 --> v459
    v456 --> v464
    v458 --> v461
    v459 --> v461
    v461 --> v462
    v461 --> v457
    v464 --> v466
    v466 --> v585
    v466 --> v457
    v439 --> v474
    v478 --> v479
    v489 --> v494
    v490 --> v494
    v491 --> v494
    v492 --> v494
    v493 --> v494
    v439 --> v494
    v494 --> v505
    v494 --> v504
    v494 --> v503
    v494 --> v502
    v494 --> v501
    v494 --> v500
    v494 --> v499
    v494 --> v498
    v494 --> v497
    v494 --> v496
    v494 --> v495
    v494 --> v506
    v494 --> v507
    v494 --> v509
    v512 --> v515
    v513 --> v515
    v514 --> v515
    v507 --> v515
    v515 --> v516
    v515 --> v517
    v515 --> v519
    v439 --> v527
    v527 --> v77
    v527 --> v529
    v529 --> v531
    v531 --> v77
    v531 --> v578
    v546 --> v547
    v547 --> v551
    v547 --> v548
    v550 --> v551
    v538 --> v551
    v551 --> v560
    v551 --> v559
    v551 --> v558
    v551 --> v557
    v551 --> v556
    v551 --> v555
    v551 --> v554
    v551 --> v553
    v551 --> v552
    v551 --> v548
    v551 --> v569
    v572 --> v574
    v573 --> v574
    v538 --> v574
    v569 --> v574
    v574 --> v77
    v574 --> v548
    v574 --> v579
    v578 --> v585
    v579 --> v585
    v580 --> v585
    v581 --> v585
    v582 --> v585
    v583 --> v585
    v584 --> v585
    v585 --> v586
    v585 --> v77
    v591 --> v593
    v592 --> v593
    v439 --> v593
    v593 --> v604
    v593 --> v603
    v593 --> v602
    v593 --> v601
    v593 --> v600
    v593 --> v599
    v593 --> v598
    v593 --> v597
    v593 --> v596
    v593 --> v595
    v593 --> v594
    v593 --> v77
    v606 --> v77
    v616 --> v77
    v620 --> v649
    v622 --> v651
    v623 --> v77
    v627 --> v77
    v652 --> v654
    v653 --> v654
    v77 --> v654
    v649 --> v654
    v650 --> v654
    v651 --> v654
    v654 --> v657
    v654 --> v656
    v654 --> v655
    v654 --> v658
    v659 --> v660
    v3 --> v33
    v20 --> v44
    v20 --> v106
    v31 --> v77
    v32 --> v77
    v67 --> v96
    v67 --> v151
    v67 --> v164
    v67 --> v189
    v67 --> v247
    v67 --> v444
    v87 --> v77
    v91 --> v77
    v157 --> v77
    v256 --> v77
    v280 --> v77
    v294 --> v77
    v457 --> v77
    v506 --> v77
    v509 --> v77
    v548 --> v77
    v111 --> v87
    v130 --> v91
    v138 --> v151
    v138 --> v208
    v138 --> v218
    v138 --> v260
    v138 --> v444
    v175 --> v157
    v202 --> v157
    v215 --> v157
    v174 --> v225
    v203 --> v225
    v279 --> v231
    v246 --> v256
    v253 --> v279
    v255 --> v280
    v259 --> v256
    v273 --> v279
    v279 --> v291
    v279 --> v297
    v279 --> v331
    v279 --> v362
    v279 --> v400
    v336 --> v294
    v377 --> v294
    v297 --> v374
    v297 --> v378
    v297 --> v382
    v297 --> v389
    v297 --> v449
    v331 --> v338
    v331 --> v354
    v434 --> v439
    v437 --> v439
    v439 --> v449
    v439 --> v478
    v439 --> v538
    v444 --> v458
    v517 --> v581
    v519 --> v538
    v658 --> v659