#!/usr/bin/env bash -C -e -u -o pipefail
INDEX=`find -L ./ -name "*.amb" | sed 's/\.amb$//'`

bwa mem \
    -K 100000000 -Y -B 3 -R "@RG\tID:null.STRAN-2023-41090.L001\tPU:L001\tSM:STRAN-2023-41090_STRAN-2023-41090\tLB:STRAN-2023-41090\tDS:az://nextflow-work/ref/human_g1k_v37_decoy.fasta\tPL:ILLUMINA" \
    -t 4 \
    $INDEX \
    0001.STRAN-2023-41090-L001_1.fastp.fastq.gz 0001.STRAN-2023-41090-L001_2.fastp.fastq.gz 0002.STRAN-2023-41090-L001_1.fastp.fastq.gz 0002.STRAN-2023-41090-L001_2.fastp.fastq.gz 0003.STRAN-2023-41090-L001_1.fastp.fastq.gz 0003.STRAN-2023-41090-L001_2.fastp.fastq.gz 0004.STRAN-2023-41090-L001_1.fastp.fastq.gz 0004.STRAN-2023-41090-L001_2.fastp.fastq.gz \
    | samtools sort   --threads 4 -o STRAN-2023-41090.sorted.bam -

cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
"NFCORE_SAREK:SAREK:FASTQ_ALIGN_BWAMEM_MEM2_DRAGMAP_SENTIEON:BWAMEM1_MEM":
    bwa: $(echo $(bwa 2>&1) | sed 's/^.*Version: //; s/Contact:.*$//')
    samtools: $(echo $(samtools --version 2>&1) | sed 's/^.*samtools //; s/Using.*$//')
END_VERSIONS